Het bestuur van Afaayo bestaat uit vijf leden:
Voorzitter – de heer G. Bakker
Penningmeester – mevrouw W. Bazen
Secretaris – mevrouw M. Bakker
Algemeen bestuurslid – mevrouw G. van der Does de Bye
Algemeen bestuurslid – vacant
Het bestuur vergadert ten minste eens per kwartaal, of vaker indien nodig. Bestuursbesluiten worden doorgaans met een meerderheid van stemmen genomen, in uitzonderlijke gevallen is een unanieme beslissing noodzakelijk.
Bestuursleden worden benoemd voor een periode van vier jaar, er is geen limiet qua aantal termijnen.